蛋白層析柱的基本原理是將一份蛋白質(zhì)混合物分成很多小份，從而使某些組分中目標(biāo)蛋白的濃度通過(guò)濃縮得以增大。雖然已經(jīng)有很多昂貴和特殊的設(shè)備可用于柱層析，但實(shí)際上它只需要基本的設(shè)備即可。
蛋白層析柱可以依賴(lài)用泵將溶劑以固定流速打入填裝好的層析柱的自動(dòng)設(shè)備來(lái)完成或者依靠流動(dòng)相的重力作用自己完成。自動(dòng)系統(tǒng)或者重力柱系統(tǒng)均可與自動(dòng)組分收集器連接使用。
裝柱、上樣、平衡、洗脫、收集、柱再生。
（1）樣品的選擇與預(yù)處理。
（2）裝柱。將層析柱垂直固定，一般是先在柱內(nèi)裝入約1/3高度的水或緩沖液排走空氣。要求柱子裝的均勻，不分層，無(wú)氣泡。
（3）平衡。用3-5倍柱床體積的起始緩沖液走柱，使介質(zhì)充分平衡，柱床穩(wěn)定。
（4）上樣（加樣）。打開(kāi)層析柱下端出口，使緩沖液流出至剛好達(dá)到柱面。沿柱壁緩慢加入樣品，打開(kāi)下端出口，使樣品溶液流出至剛好達(dá)到柱面，再取少量起始緩沖液洗滌柱壁。加樣時(shí)應(yīng)盡量減少柱面的攪動(dòng)。
（5）洗脫與收集。打開(kāi)起始緩沖液閥門(mén)，連續(xù)洗脫。用自動(dòng)部分收集器自動(dòng)或手動(dòng)收集，合并同一高峰各管。流速不宜過(guò)快且要穩(wěn)定，洗脫液的成分也不應(yīng)改變（凝膠溶脹程度），整個(gè)洗脫過(guò)程中始終保持一定的操作壓，可以用水或緩沖液作洗脫液。
（6）再生與保存。用原始平衡液進(jìn)行充分洗滌，即可重復(fù)使用。
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